Список различий между Mother (NES) и Mother 1+2 (GBA).

• Анимация экрана, когда команда Нинтена изучает очередную мелодию, выполнена в стиле EarthBound Zero.
• Изменился порядок изучения PSI-способностей.
• Отец Нинтена больше не просит нажать кнопку Reset, когда игра выключается. GBA в этом не нуждается, так что этот кусок текста просто убрали.
• Кнопка L в GBA версии игры действует аналогично кнопке L в SNES версии EarthBound (т.е. объединили Talk и Check в одну кнопку).
• Игра, как и подавляющая часть GBA игр, может переходить в Режим Сна.
• Персонажи больше не передвигаются по клеткам в стиле Pokémon. Перемещение теперь выполнено в стиле EarthBound на SNES.
• Команда Нинтена может бегать, если зажать кнопку R. Однако, в отличие от EarthBound Zero, бег не выполнен в стиле быстрого движения.
• Переход в боевой режим выполнен в мозаичном стиле.
• Аналогично EarthBound Zero, здесь отсутствует предмет «Карта». Вместо этого, карту можно просмотреть нажатием кнопки START.
• Скорость текста во время сражений можно изменить.
• Результатом использования Check на противнике станет лишь одна строчка с комментарием о нём.
• SMAAAASH!! всегда зелёного цвета. В EarthBound Zero его цвет зависел от врага.
• Перепутано местами звуковое сопровождение атак персонажей и врагов, что является багом, а не фичей (исправлено в фанатском переводе).
• Интенсивность случайных сражений ещё завысили и почти приравняли к играм серии Pokémon. Старый трюк с открыванием меню, позволяющий избежать сражений, больше не работает.
• Старый стриптиз-клуб заменили на другой тип магазина.
• Добавили предмет Repel Ring.
• Отсылку к Dragon Quest (Dragon Warrior) заменили на «эту игру».
• Использование Check на поле подскажет персонажам, находятся ли они на опасной территории или же нет. Полезно в случаях, когда не очень ясно, где заканчивается город и начинается внешняя территория. В свете того, что и без того настырные случайные сражении дополнительно участили (да и в случаях, когда персонажи не в форме), знать, где тебя абсолютно точно атаковать не будут, весьма полезно.
• Также можно обнаружить такие различия, которые были между Mother и EarthBound Zero, как:
  • Кресты заменили на обычные надгробия.
  • У ворон больше нет сигарет.
  • У The Shroudly убрали кровь, капающую с его рук.
  • У The Gang/Nasty Zombies кровь от, вероятно, пулевых ранений заменили галстуком.
  • У Bla Bla Gang's leader отобрали нож.
  • У Dr. Distorto больше нет крови на плаще. Тайд или кипячение?
  • Лекарь восстанавливает всем персонажам здоровье полностью.
  • Изменился подземный путь в Magicant'е.
  • С помощью родника королевы Марии можно снимать с карточки деньги.
  • Из внутриигровых ресурсов убрали бесполезный Friendship Ring.
  • Враги появляются в туннелях.
• Ана при вступлении в команду становится на второе место, отодвигая появившегося ранее Ллойда на третье.
• Телепортация проходит чуть дольше, зато уменьшена скорость, что делает её применение чуть проще.
• Экран прокручивается, когда персонажей засасывает в водоворот. Связано это, скорее всего, с ограничением в размере экрана GBA.
• Добавлена небольшая сценка с побегом с завода Евы.
• После получения мелодии Евы, команда Нинтена также получает Memory Chip. При использовании сразу перенесёт всю команду обратно к Еве.
• The Flea Bag больше не работает на R7038.
• Ещё одним различием между Mother и EarthBound Zero является то, что Команда Нинтена отправляется к королеве Марии после изучения восьмой мелодии самостоятельно, вместо бездумной и бесполезной телепортации туда после изучения седьмой мелодии.
• Песня философа является переводом на японский того, что он говорит в EarthBound Zero.
• Атака Гийгаса звучит немного по-другому.
• В конце игры команда Run заменяется на Sing. Что-то заменить пришлось из-за того, что в пустой ранее позиции разместился пункт Settings.
• Прямо перед финальной битвой добавили экстра-локацию.
• Концовка полностью отличается от оригинала. Она аналогична концовке из EarthBound Zero. Как и в концовке прототипа, здесь она не зависит от команды Нинтена и предполагает, что игрок шёл по задуманному разработчиками маршруту.
• Несмотря на то, что порт основан на NES'овском прототипе, в титрах не был указан ни Phil Sandhop, ни команда локализиции, работавшая над EarthBound Zero. Некоторых покупателей это рассердило.