Cookie, технически возможно, но 640x480 -- это максимальное разрешение на движке VX Ace. Добиться пиксель-перфект 16:9 можно только обрезав высоту, которой и так маловато.

В принципе можно переехать на современный движок MV, пока у нас всё равно готовы только идеи и механики. Там будет можно устроить пиксель-перфект фуллскрин с 1104x624.

Или, что легче -- в фуллскрине добавлять по краям чёрные полосы, чтобы сохранять пропорции. Можно даже попробовать сделать это опциональным по желанию юзверя.

В целом сейчас переход на фуллскин проходит нормально, выглядит не плохо, если исключить тот факт, что идет «натягивание» картинки в ширину. 
Так что вариант с черными полосками был бы хорошим решением, и звучит проще перехода.