Вообще в оригинале (по ниппонски то бишь) игра называется просто «Нуль» (REI). При переезде в Европу к названию уже присобачили Проект. А вот в США у игры совсем другое название.
Так что смысла в нем искать не нужно просто имя должно было быть завлекающим, я думаю.
Я помню что-то про Zero Shot, но понятия не имею как это применимо к реалу. А вот западная фанатская теория уже интереснее согласно ей, название игры (Rei) можно трактовать как призрак, ведь японское наименование призраков звучит как Yuurei (вспоминаем няшный хоррор от Ниппон Ичи). В этом слове два корня с двумя трактовками: Yui неупокоенная и Rei душа. Вот и выходит беспокойный дух он же злобное приведение. При этом корень Rei также переводится и как ноль. Так что английское зеро это вероятно обычная ошибка переводчика или намеренное сокращение разрабов.