Герои нашего времени
Дезмонд Майлс – знакомый нам герой из первой части сбегает из корпорации «Абстерго Индастриз», спасая свою жизнь. После частого нахождения в Анимусе у молодого человека открываются способности его предка Альтаира. Благодаря Орлиному Зрению Дезмонд стал видеть секретные сообщения и символы, а также ауры окружающих. Вместе с Люси они сбегают в секретное укрытие к двум другим ассасинам. Там героя тренируют новым навыкам искусного убийцы. С аналогом «Анимус 2.0» Дезмонда при его согласии вновь погружают в память его предка, чтобы найти остальные Частицы Эдема. На этот раз героя отправляют в Эпоху Возрождения, где живет его предок Эцио.