Миссия «Большой Банан» или «Змей против обезьян».

После событий Ape Escape не все обезьяны были отловлены: большую группу обезьян занесло на советскую военную базу, там они и захватили власть, воспользовавшись ошарашенностью советских солдат. Позднее, чтобы воплотить мечту Призрака (Spekter) о мировом господстве в реальность, они основывают отряд «Горилла» (Gorilla Force) и создают нечто ужасное и разрушительное — Mesal Gear.

Вся власть у них в руках: мощная держава СССР и грозное оружие Mesal Gear, с их непоколебимой преданностью ослепительно белому вождю сметёт всё на своём пути. Но… Одно но, они не предусмотрели, что Профессор (Professor) никогда не забывает о своих подопытных: так как все его прислужники на важных заданиях, Профессор решает обратиться к своему старому знакомому, к ученику ушедшему в подполье, и не ошибается, услуги бравого american boy(я) Solid Snake у него в кармане. Змей отправляется в прошлое, чтобы обезвредить банду обезьян и ненавистных Рузке. Прибыв на место, из-за какого-то сбоя в машине времени, он оказывается голым, но тут же подбирает себе одежду из груды шмотья разбросанного по лесу (не правда ли странно?). Далее, после нескольких успешных забегов, до конца не освоив новую механику, Змей попадает в плен к отряду «Горилла». Потом при каких-то странных обстоятельствах случается временной парадокс и все попадают в настоящее. Позднее Рой Кембелл (Roy Campbell) получает анонимное письмо, из которого узнаёт, что его друг попал в беду: вот собственно и начинаются события Messal Gear Solid: Snake Escape, Профессор, конечно, так и не признается Кембеллу, что он виновен в происходящем, ведь у него ещё полно зловещих тайн…

  Или почему в игре вместо модельки Solid Snake модель Naked Snake?   

Потому как это пародийная игра, а его внешность связана с MGS3: Snake vs. Monkeys. Как понимаете, исполнение там намного хуже и модельку Solid Snake там не вставили, все по быстрому слепили, так что локации и Змей не претерпели никаких изменений от оригинального MGS3. В Mesal Gear Solid же сохранили эту модельку для связи с вышеупомянутым набором уровней с обезьянами из MGS3: Subsistence…